A partir de mediados del siglo XI, el Baptisterio fue reconstruido en sus dimensiones actuales y enriquecido con mármoles preciosos, muchos de los cuales procedían de edificios antiguos. En los siglos XII y XIII se amplió la nueva estructura con la adición de la cúpula monumental y la "scarsella" (el ábside rectangular al oeste), convirtiéndose en motivo de orgullo ciudadano, tanto que Dante, con orgullo cívico, llamó es el "hermoso San Juan".
De 1300 a 1500 se colocaron las tres puertas de bronce y los grupos escultóricos sobre ellas.
La más antigua, la puerta sur de Andrea Pisano, representa la vida de San Juan Bautista, titular del baptisterio y patrón de la ciudad.
La puerta norte, de Lorenzo Ghiberti, muestra escenas de la vida de Cristo. Del mismo artista es la puerta este, llamada por Miguel Ángel "puerta del Paraíso", que representa escenas del Antiguo Testamento.