La tradición de que el Baptisterio es un templo romano se hace comprensible dentro del edificio. El vasto entorno abovedado, que en su disposición recuerda al Panteón, se enriquece de hecho con elementos de monumentos antiguos: las columnas monolíticas, dos sarcófagos esculpidos y parte del revestimiento de mármol. El pavimento, en cambio, evoca el mundo islámico: motivos zodiacales orientales son reconocibles en las "alfombras" entre la puerta del Paraíso y el centro de la sala. En los muros, junto a formas tardorimperiales, hay otras de lejana ascendencia germánica. La suntuosa cúpula destaca la influencia bizantina en el centro de Italia. El efecto total es el de una magnífica encrucijada de las grandes culturas de la Europa medieval.

En el centro del baptisterio se encontraba la antigua pila bautismal con una valla octogonal alrededor (la forma de una y otra están trazadas en el suelo). Mirando desde la fuente hacia arriba, hacia la cúpula, el creyente vio la enorme figura de Cristo que domina los mosaicos del siglo XIII y, bajo los pies de Cristo, los muertos que resucitan: es el Juicio Final, cuando Cristo resucitado llamará a los vivos, tanto los muertos para evaluar las acciones de cada uno. A la derecha de Cristo (izquierda del espectador) están las almas de los justos "en el seno" de Abraham, Isaac y Jacob, los patriarcas del antiguo Israel; mientras que a la izquierda (derecha del espectador) está el Infierno. Estas imágenes, que tienen una fuerza extraordinaria debido a la presencia de tumbas dentro (y en el pasado también fuera) del Baptisterio, ilustran el significado profundo del Bautismo cristiano. “¿O no sabéis que los que fueron bautizados en Cristo Jesús, fueron sepultados con él en su muerte?...; porque como Cristo resucitó de entre los muertos por la gloria del Padre, así también nosotros podemos caminar en una vida nueva”, explica San Pablo (Carta a los Romanos 6, 3-4).

1) Juicio universal 2) jerarquías angelicales 3) Historias de Génesis 4) Historias de José 5) Historias de María y Cristo 6) Historias del Bautista

En los registros horizontales de los otros cinco segmentos de la cúpula se encuentran las historias de San Juan Bautista, de Cristo, de José el judío y de los comienzos de la vida humana (Adán y Eva, Caín y Abel, Noé y su familia). representado. Al mirar a estos personajes, los creyentes se percibían insertos en la trama misma de la historia del pueblo de Dios: podían decir, con el autor de la Carta a los Hebreos, 12,1: «También nosotros, por tanto, rodeados por tan gran enjambre de testigos… corramos con perseverancia, manteniendo la mirada fija en Jesús” visible en el gran mosaico sobre el altar. En el registro más alto, cerca de la luz, se representan los coros angelicales.