La tradición que quiere que el Baptisterio sea un templo romano está bien atestiguada por su interior.
La gran sala abovedada, que en su diseño recuerda al Panteón, está enriquecida con elementos atribuibles a los monumentos antiguos: columnas monolíticas, dos sarcófagos esculpidos y parte del revestimiento de mármol.
El pavimento, en cambio, evoca el mundo islámico: motivos zodiacales orientales son reconocibles en las "alfombras" entre la puerta del Paraíso y el centro de la sala, dando el efecto de un magnífico cruce de caminos.
En el centro del baptisterio se encontraba la antigua pila bautismal, bordeada por una valla octogonal, como lo demuestra el perímetro trazado en el suelo.