Tradycja, która chce, aby Baptysterium była świątynią rzymską, dobrze świadczy o jej wnętrzu.
Rozległa kopułowa sala, przypominająca swoim układem Panteon, jest w rzeczywistości wzbogacona o elementy przypisywane starożytnym zabytkom: monolityczne kolumny, dwa rzeźbione sarkofagi i część marmurowego pokrycia.
Z drugiej strony podłoga przywołuje świat islamu: orientalne motywy zodiakalne są rozpoznawalne na „dywanach” między drzwiami Raju a środkiem sali, dając efekt wspaniałego skrzyżowania.
Pośrodku baptysterium znajdowała się starożytna chrzcielnica, otoczona ośmiokątnym płotem, o czym świadczy obwód wytyczony na podłodze.