Wewnątrz budynku zrozumiała staje się tradycja, że ​​baptysterium jest świątynią rzymską. Rozległe kopulaste otoczenie, które w swej aranżacji nawiązuje do Panteonu, jest bowiem wzbogacone elementami z antycznych zabytków: monolitycznymi kolumnami, dwoma rzeźbionymi sarkofagami i częścią marmurowej okładziny. Podłoga natomiast przywołuje na myśl świat islamu: orientalne motywy zodiaku są rozpoznawalne na „dywanach” między drzwiami Raju a środkiem pokoju. Na murach, obok form późnocesarskich, znajdują się inne o dalekim pochodzeniu germańskim. Wspaniała kopuła podkreśla wpływy bizantyjskie w środkowych Włoszech. Całkowity efekt to wspaniałe skrzyżowanie wielkich kultur średniowiecznej Europy.

W centrum baptysterium znajdowała się antyczna chrzcielnica otoczona ośmiobocznym ogrodzeniem (kształty jednego i drugiego są odrysowane w posadzce). Patrząc od źródła w górę, w stronę kopuły, wierzący ujrzał ogromną postać Chrystusa, która dominuje w XIII-wiecznych mozaikach, a pod stopami Chrystusa zmartwychwstałych: jest to Sąd Ostateczny, kiedy zmartwychwstały Chrystus wezwie żywych, zarówno zmarłych, aby ocenić działania każdego. Na prawo od Chrystusa (na lewo od widza) znajdują się dusze sprawiedliwych „na łonie” Abrahama, Izaaka i Jakuba, patriarchów starożytnego Izraela; podczas gdy po lewej (po prawej stronie patrzącego) jest piekło. Te obrazy, które mają niezwykłą siłę ze względu na obecność grobów wewnątrz (a w przeszłości także na zewnątrz) baptysterium, ilustrują głęboki sens chrztu chrześcijańskiego. „Czy nie wiecie, że ci, którzy zostali ochrzczeni w Chrystusie Jezusie, zostali z nim pochowani w jego śmierci?…; ponieważ jak Chrystus zmartwychwstał przez chwałę Ojca, tak i my możemy chodzić w nowym życiu”, wyjaśnia św. Paweł (List do Rzymian 6, 3-4).

1) Sąd powszechny 2) Hierarchie anielskie 3) Historie z Księgi Rodzaju 4) Historie Józefa 5) Historie Maryi i Chrystusa 6) Historie baptysty

W rejestrach poziomych pozostałych pięciu segmentów kopuły znajdują się historie św. Jana Chrzciciela, Chrystusa, Józefa Żyda oraz początków życia ludzkiego (Adama i Ewy, Kaina i Abla, Noego i jego rodziny). przedstawiony. Patrząc na te postaci, wierzący postrzegali siebie jako wpisanych w samą fabułę dziejów ludu Bożego: mogli powiedzieć, za autorem Listu do Hebrajczyków 12,1: „My także otoczyliśmy się przez tak wielki rój świadków… biegnijmy wytrwale, wpatrując się w Jezusa” widocznego w wielkiej mozaice nad ołtarzem. W najwyższym rejestrze, w pobliżu światła, przedstawione są chóry anielskie.