Tradiția care vrea ca Baptisteriul să fie un templu roman este bine mărturisită de interiorul său.
Vasta încăpere cu cupolă, care în amenajarea sa amintește de Panteon, este de fapt îmbogățită cu elemente atribuibile monumentelor antice: coloane monolitice, două sarcofage sculptate și o parte din învelișul de marmură.
Pardoseala, în schimb, evocă lumea islamică: motivele zodiacale orientale sunt recunoscute în „covoarele” dintre ușa Paradisului și centrul sălii, dând efectul unei răscruce magnifice.
În centrul Baptisteriului se afla cristelnița antică, mărginită de un gard octogonal, dovadă fiind perimetrul trasat pe podea.