Tradiția că Baptisteriul este un templu roman devine de înțeles în interiorul clădirii. Vastul mediu cu cupolă, care în amenajarea sa amintește de Panteon, este de fapt îmbogățit cu elemente din monumentele antice: coloanele monolitice, două sarcofage sculptate și o parte din placarea de marmură. Pardoseala, în schimb, evocă lumea islamică: motivele zodiacale orientale sunt recunoscute în „covoarele” dintre ușa Paradisului și centrul încăperii. Pe pereți, alături de formele imperiale târzii, sunt și altele de origine germanică îndepărtată. Domul somptuos evidențiază influența bizantină în centrul Italiei. Efectul total este de o răscruce magnifică a marilor culturi ale Europei medievale.

În centrul Baptisteriului se afla cristelnița antică cu gard octogonal în jurul său (forma unuia și celuilalt sunt trasate în podea). Privind de la izvor în sus, spre cupolă, credinciosul a văzut figura enormă a lui Hristos care domină mozaicurile din secolul al XIII-lea și, sub picioarele lui Hristos, morții înviați: este Judecata de Apoi, când Hristos cel înviat îi va chema pe cei vii, atât morţii să evalueze acţiunile fiecăruia. La dreapta lui Hristos (stânga spectatorului) sunt sufletele drepților „în sânul” lui Avraam, Isaac și Iacov, patriarhii vechiului Israel; în timp ce în stânga (dreapta privitorului) se află Iadul. Aceste imagini, care au o putere extraordinară datorită prezenței mormintelor în interiorul (și în trecut și în afara) Baptisteriului, ilustrează semnificația profundă a Botezului creștin. „Sau nu știți că cei care au fost botezați în Hristos Isus au fost îngropați împreună cu El în moartea Lui?…; pentru că precum Hristos a înviat din morți prin slava Tatălui, așa și noi putem umbla într-o viață nouă”, explică Sfântul Pavel (Scrisoarea către Romani 6, 3-4).

1) Judecata universală 2) Ierarhiile angelice 3) Povești din Geneza 4) Poveștile lui Iosif 5) Poveștile Mariei și ale lui Hristos 6) Poveștile Boteztorului

În registrele orizontale ale celorlalte cinci segmente ale domului sunt poveștile Sfântului Ioan Botezătorul, ale lui Hristos, ale lui Iosif Evreul și ale începuturilor vieții umane (Adam și Eva, Cain și Abel, Noe și familia sa) înfățișat. Privind aceste personaje, credincioșii s-au perceput ca fiind inserați în însăși intriga istoriei poporului lui Dumnezeu: ei puteau spune, împreună cu autorul Scrisorii către Evrei, 12,1: „Deci și noi am înconjurat de un roi atât de mare de martori... să alergăm cu perseverență, ținându-ne privirea ațintită asupra lui Isus ”vizibil în marele mozaic de deasupra altarului. În registrul cel mai înalt, lângă lumină, sunt reprezentate corurile îngerești.