Начиная с середины XI века Баптистерий был перестроен в его нынешних размерах и обогащен драгоценными мраморами, многие из которых были взяты из древних построек. В XII и XIII веках новое строение было расширено за счет добавления монументального купола и «скарселлы» (прямоугольной апсиды на запад), став настолько предметом гордости граждан, что Данте с гражданской гордостью назвал это "прекрасный Сент-Джон".
С 1300:1500 до XNUMX:XNUMX были установлены три бронзовые двери и скульптурные группы над ними.
Самая старая, южная дверь работы Андреа Пизано, изображает жизнь святого Иоанна Крестителя, титуляра баптистерия и покровителя города.
Северная дверь работы Лоренцо Гиберти изображает сцены из жизни Христа. Автором того же художника является восточная дверь, названная Микеланджело «вратами рая», изображающая сцены из Ветхого Завета.