Первой епископской церковью Флоренции была древняя базилика С. Лоренцо, освященный С. Амброджо Милана в 394 г.
Главной церковью и кафедральным собором Флоренции в то время была базилика Св. Репарата мученика, который был построен в пятом или шестом веке и несколько раз расширялся и реставрировался в последующие века.
Когда был издан декрет о полной и более масштабной реконструкции, необходимой в связи с интенсивным демографическим ростом, кардинал Валериано, легат Бонифация VIII, торжественно заложил первый камень новой базилики в праздник Рождества Богородицы в 1296 г. Только в 1436 г. церковь была освящена П.П. Евгением IV, с титулом Санта Мария дель Фьоре. «Цветок», согласно документу начала 400-х годов, должен был быть Христом, проросшим на стебле (Мария), который поднимается от корня семьи Давида.