O tradícii, ktorá chce, aby Baptistérium bolo rímskym chrámom, svedčí jeho interiér.
Obrovská kupolovitá miestnosť, ktorá svojim usporiadaním pripomína Panteón, je v skutočnosti obohatená o prvky, ktoré možno pripísať starovekým pamiatkam: monolitické stĺpy, dva vytesané sarkofágy a časť mramorového obkladu.
Podlaha na druhej strane evokuje islamský svet: na „kobercoch“ medzi dverami Raja a stredom haly sú rozpoznateľné orientálne motívy zverokruhu, čo vytvára efekt veľkolepej križovatky.
V strede baptistéria bola starobylá krstiteľnica ohraničená osemhranným plotom, o čom svedčí obvod vyznačený na podlahe.