Ab Mitte des XNUMX. Jahrhunderts wurde das Baptisterium in seinen heutigen Ausmaßen wieder aufgebaut und mit kostbarem Marmor angereichert, von denen viele aus antiken Gebäuden stammten. Im XNUMX. und XNUMX. Jahrhundert wurde die neue Struktur um die monumentale Kuppel und die "Scarsella" (die rechteckige Apsis im Westen) erweitert und wurde zu einer Quelle des Bürgerstolzes, so sehr, dass Dante mit bürgerlichem Stolz anrief es der "schöne Johannes".
Von 1300 bis 1500 wurden die drei Bronzetüren und die darüber liegenden Skulpturengruppen angebracht.
Die älteste, die Südtür von Andrea Pisano, zeigt das Leben des Hl. Johannes des Täufers, Titelträger des Baptisteriums und Schutzpatron der Stadt.
Die Nordtür von Lorenzo Ghiberti zeigt Szenen aus dem Leben Christi. Vom gleichen Künstler stammt die Osttür, von Michelangelo „Tor des Paradieses“ genannt, die Szenen aus dem Alten Testament darstellt.