Die Tradition, dass das Baptisterium ein römischer Tempel sein soll, wird durch sein Inneres gut bezeugt.
Der weitläufige Kuppelsaal, der in seinem Grundriss an das Pantheon erinnert, ist in der Tat durch Elemente antiker Denkmäler bereichert: monolithische Säulen, zwei gemeißelte Sarkophage und ein Teil der Marmorverkleidung.
Der Bodenbelag hingegen erinnert an die islamische Welt: Orientalische Tierkreismotive sind in den „Teppichen“ zwischen dem Paradiestor und der Saalmitte erkennbar und wirken wie eine prunkvolle Wegkreuzung.
In der Mitte des Baptisteriums befand sich das alte Taufbecken, das von einem achteckigen Zaun begrenzt wurde, wie der auf dem Boden gezeichnete Umfang beweist.