Традиция, согласно которой баптистерий был римским храмом, хорошо подтверждается его интерьером.
Обширное купольное помещение, по планировке напоминающее Пантеон, на самом деле обогащено элементами, относящимися к античным памятникам: монолитными колоннами, двумя скульптурными саркофагами и частью мраморного покрытия.
Напольное покрытие, с другой стороны, вызывает в памяти исламский мир: восточные зодиакальные мотивы узнаваемы в «коврах» между дверью Рая и центром зала, создавая эффект великолепного перекрестка.
В центре баптистерия находилась старинная купель, окаймленная восьмигранной оградой, о чем свидетельствует прочерченный на полу периметр.