La tradizione che vuole il Battistero un tempio romano è ben testimoniata dal suo interno.
Il vasto ambiente a cupola, che nella disposizione ricorda il Pantheon, è infatti arricchito da elementi riconducibili a monumenti antichi: colonne monolitiche, due sarcofagi scolpiti, e parte del rivestimento marmoreo.
La pavimentazione, invece, evoca il mondo islamico: nei “tappeti” tra la porta del Paradiso ed il centro dell’aula sono riconoscibili motivi zodiacali orientali, dando l’effetto di un magnifico crocevia.
Al centro del Battistero c’era l’antico fonte battesimale, delimitato da una recinzione ottagonale, come testimoniato dal perimetro tracciato sul pavimento.