Od polovice XNUMX. storočia bola krstiteľnica prestavaná do súčasných rozmerov a obohatená o vzácne mramory, z ktorých mnohé pochádzajú zo starovekých budov. V XNUMX. a XNUMX. storočí bola nová stavba rozšírená o monumentálnu kupolu a „scarsellu“ (obdĺžnikovú apsidu na západe), čím sa stala zdrojom občianskej hrdosti natoľko, že Dante s občianskou hrdosťou tzv. je to „krásny svätý Ján“.
V rokoch 1300 až 1500 boli umiestnené tri bronzové dvere a nad nimi súsošia.
Najstaršie, južné dvere od Andrea Pisana, zobrazujú život sv. Jána Krstiteľa, titulára baptistéria a patróna mesta.
Severné dvere od Lorenza Ghibertiho zobrazujú výjavy zo života Krista. Od toho istého umelca sú východné dvere, ktoré Michelangelo nazval „bránou raja“, ktoré zobrazujú výjavy zo Starého zákona.